Harald Badinger promovierte im Jahr 2001 im Fach Sozial- und Wirtschaftswissenschaften an der WU. Von 1999 bis 2007 arbeitete er am Europainstitut der WU und erhielt 2007 die Venia Legendi für Volkswirtschaftslehre. Nach einem Forschungsaufenthalt am Center for Economic Studies der Ludwig-Maximilians-Universität München im Rahmen eines Erwin-Schrödinger-Fellowship, folgte eine Tätigkeit an der Abteilung für volkswirtschaftliche Studien der Oesterreichischen Nationalbank.

Im März 2010 erhielt Badinger den Ruf an die WU als Universitätsprofessor und leitet seitdem das Institut für Internationale Wirtschaft. Von 2012 bis 2015 war er stellvertretender Vorstand des Departments Volkswirtschaft. Seit 01.10.2015 fungiert er als Vizerektor für Finanzen, und seit 01.10.2019 ist er Vizerektor für Finanzen und Universitätsentwicklung.